《查理周刊》的惨剧仅仅是因为伊斯兰恐怖主义遇上法国新闻的讽刺传统吗？无论是法新社、BBC还是《纽约客》，甚至是法、美两国总统，都把事件框定在恐怖主义袭击的范畴之内，批判这极其残暴的恶行；世界各地的新闻人与漫画家们也纷纷扛起新闻与言论自由的大旗自称“我是查理”。冷静地把伊斯兰教义与伊斯兰恐怖主义区分开来是明智的，作为民主基石的新闻与言论自由无疑不可侵犯，然而从《查理周刊》事件中映射出来的宗教偏见与政治修辞却要比恐怖主义与言论自由复杂得多。
首先，这场悲剧的缔造者是一种名为伊斯兰恐怖主义的意识形态。它利用伊斯兰信仰作为动机，依靠对伊斯兰教义的歪曲解读煽动信徒。从这一角度看，伊斯兰恐怖主义与其它宗教恐怖主义并无本质区别，甚至和无政府主义、虚无主义、极端民族主义都有相通之处。
但是，由于这种意识形态与世界三大宗教之一的伊斯兰教密不可分，使得许多人在面对这种恐怖主义宗教纽带时蹑手蹑脚，或矢口否认两者之间的联系、声称伊斯兰教是和平的宗教，或批评伊斯兰恐怖主义是对教义的曲解。
问题的关键在于，部分伊斯兰教的信徒们是否真切地把暴力视为合乎信仰的实践？对于那些诉诸暴力的穆斯林而言，以真主之名是否就可以行使绝对的权力、践踏自由的权利？
“真主至大！”枪击者在巴黎的街头如此呐喊。而伊拉克战争中的伊斯兰教信徒却曾痛心疾呼：“穆斯林不会如此（暴力）。” 面对《查理周刊》的惨剧，成千上万的穆斯林们又会是怎样的复杂心情？唯一肯定的是，我们不能再让更多的年轻穆斯林走上极端、暴力、狂热的恐怖主义道路。各种宗教信徒以及无神论者之间的对话应该无限扩大。
再者，在法国，伊斯兰教的问题从来不只是宗教问题。如果说美国是世界上最大的移民国家，那么法国就是欧洲最大的移民国，其中又以穆斯林所占的比重最高。目前，法国有1550多座清真寺，其中有13座是能够容纳1000人的大型清真寺。
据统计，法国现有400-500万穆斯林，其中约有33-50%拥有法国国籍，他们大多是信仰伊斯兰教的非洲移民在法生育的子女，但是他们的父母没有取得法国国籍。对待移民，法国政府一贯坚持以“共和模式”为标志的移民政策，强调异域文化与法兰西文化的融合；即便是面对封闭性、保守性极强的伊斯兰文化，法国人的脚步也不曾退缩。
这一政策显然不同于英国和德国的风格：德国的政策是遣返穆斯林移民，英国则忽视他们的存在，只有法国采取积极措施促使其融入社会。这或许更接近我们中国人历来强调的“大一统模式”。然而，穆斯林的宗教信仰、生活方式、思维习惯不仅与法国传统基督教社会截然不同，而且颇具封闭性、不易被改变，这在客观上迫使移民与主流社会产生了隔阂。
数年来，《查理周刊》讽刺先知的做法被许多伊斯兰教徒看作是对穆斯林的侵犯。即使法庭曾以“保护言论自由”为由，判《查理周刊》转载丹麦《日德兰邮报》讽刺穆罕默德的12幅漫画无罪，但值得注意的是，对《查理周刊》提起诉讼的是法国伊斯兰教团体，而不是伊斯兰恐怖主义者。即使是此时此刻大呼“新闻与言论自由”的奥巴马也曾在彼时彼刻批评《查理周刊》的口无遮拦、诽谤伊斯兰教的信仰。言论自由固然不可侵犯，但面对已然存在的隔阂与偏见，是否应该有更多的自由言论来倡导宽容和理解呢？
《查理周刊》是法国一份左翼、反宗教的新闻周刊，善于运用漫画和玩笑讽刺极右翼政治势力和天主教、伊斯兰教、犹太教等宗教力量。已故主编夏尔伯是法国共产党的长期支持者，致力批判宗教狂热。
被《查理周刊》拿来开涮的包括使法国信徒“奴颜婢膝”的罗马教宗，“同性恋”红衣主教团，圣母玛利亚诞下的“猪脸耶稣”，迫不及待在后卡扎菲时代恢复一夫多妻制的“异见人士”，因支持率太低以致只能“与狗寻欢”的奥朗德……当然，还有伊斯兰教极端分子，至少《查理周刊》始终声称，他们只是对伊斯兰教徒中的狂热分子和恐怖分子冷嘲热讽，他们只是用笔杆子和创造力行使自由而不可侵犯的权利。
《查理周刊》与伊斯兰教恐怖主义乃至伊斯兰教群体的矛盾由来已久，至少可以追溯到2006年；当时的《查理周刊》转载了一家丹麦报纸涉及伊斯兰教先知穆罕默德的漫画，犯了穆斯林的众怒。
2011年，《查理周刊》又刊登了一幅取笑伊斯兰法典的漫画，还赫然在封面上写着“特约编辑穆罕默德”。漫画中，长胡子白袍子的“卡通”穆罕穆德竖起一根手指，瞪着圆圆的眼睛说道：“如果你没有笑死就抽你100鞭。”正是这幅漫画导致周刊的办公楼被燃烧弹袭击。
不过，《查理周刊》并没有就此收手，2012年9月，这家杂志发表了数幅影射伊斯兰教先知穆罕默德的漫画，其中包括一幅裸体漫画。漫画随即在法国和一些伊斯兰国家掀起抗议波澜。不仅法国一些重要的伊斯兰教团体表达了愤怒情绪，一些伊斯兰国家也爆发了反法示威。法国外交部担心这一事件可能引发反法暴力事件，曾一度关闭了法国驻伊斯兰国家的20多个使领馆、文化中心和法国学校。1月7日的枪击事件发生在周刊的巴黎办公室，导致12人丧生；就在此前不久，主编夏尔伯还画了一幅嘲讽圣战武装分子的辛辣漫画。
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